A Diretoria Executiva do Samae apresenta a seguinte estrutura:

Diretor Presidente: são de sua responsabilidade representar a autarquia ativa e passivamente, em juízo ou fora dele, movimentar contas bancárias de arrecadação da autarquia em assinatura conjunta com o Diretor do Departamento Administrativo e Financeiro, autorizar despesas de acordo com as dotações orçamentárias e ordenar pagamentos em consonância com a programação de caixa, exercer a direção geral da autarquia coordenando e controlando suas atividades e expedindo normas, instruções e ordens para execução dos trabalhos, praticar os atos relativos à administração de recursos humanos incluindo admissão, contratação, promoção, remoção, punição, demissão ou dispensa de servidores da autarquia, executar as deliberações do Conselho Deliberativo, gerir e administrar o patrimônio e rendas da autarquia, celebrar acordos, contratos, convênios, termos de compromisso ou outros atos administrativos com pessoas ou entidades públicas ou privadas, apresentar ao Conselho Deliberativo o Plano de Trabalho anual e plurianual e as alterações estatutárias que se fizerem necessárias, apresentar a proposta orçamentária e o plano de aplicação de recursos, bem como o relatório anual de atividades, a prestação de contas e o balanço geral.

Departamento Administrativo e Financeiro: são de sua responsabilidade dirigir a execução da política administrativa e financeira da Autarquia, dirigir a execução da política de administração de material e patrimônio, dirigir a execução dos serviços administrativos e de apoio, em especial dos setores de atendimento aos usuários, faturamento, fiscalização, recursos humanos, compras, licitações, patrimônio, frotas, tesouraria, contabilidade e comunicação, dirigir os serviços de contabilidade e de execução orçamentária, promover a prestação de contas da Autarquia, fornecer aos órgãos competentes os elementos administrativos e financeiros necessários para a fixação, reajuste e revisão de taxas, tarifas, preços públicos ou contribuição de melhorias.

Divisão de Interação com Usuários dos Serviços Públicos (subordinada ao Departamento Administrativo e Financeiro): são de sua responsabilidade chefiar treinamentos e acompanhar as equipes de atendimento aos usuários dos serviços públicos oferecidos pela autarquia, orientar as equipes de atendimento e fiscalização quanto ao uso dos sistemas comerciais e quanto ao cadastro e atualização dos dados e das informações dos usuários e imóveis que possuem acesso aos sistemas e serviços públicos oferecidos pela autarquia, chefiar as atividades de estabelecer, revisar e atualizar os documentos, as normas e os modelos das estruturas padrões para o fornecimento e o acesso dos usuários aos serviços públicos oferecidos pela autarquia, coordenar e monitorar os serviços relacionados às questões operacionais do faturamento, tais como a gestão e substituição dos equipamentos de medição de consumo, os serviços de leituras ou medições de uso, ou a aplicação de outros instrumentos de cobrança baseados na disponibilidade ou uso das estruturas e serviços públicos oferecidos pela autarquia, gerenciar, responder e/ou encaminhar os requerimentos dos usuários dos serviços públicos prestados pela autarquia, coordenar e gerenciar a abertura e fechamento de ordens de serviço, e a digitalização e arquivo dos documentos relacionados ao atendimento dos usuários dos serviços públicos oferecidos pela autarquia, chefiar, gerenciar e monitorar os trabalhos de fiscalização, e da interrupção e reestabelecimento dos serviços públicos oferecidos pela autarquia, em função do cumprimento dos direitos e deveres dos usuários, da assiduidade de pagamentos, e da aplicação de penalidades decorrentes de violações e irregularidades constatadas.

Departamento de Execução e Manutenção de Serviços Públicos: são de sua responsabilidade dirigir, administrar e supervisionar as atividades de execução, manutenção e operação dos serviços públicos sob competência institucional da autarquia, dirigir, coordenar, monitorar, orientar e fiscalizar a execução de estudos, planos, projetos, obras, programas e atividades de implantação, melhoria, ampliação, operação, manutenção e expansão dos sistemas públicos de saneamento básico e de outros serviços públicos sob competência institucional da autarquia, realizar o monitoramento de atividades operacionais e técnicas desenvolvidas pelas equipes da autarquia, coordenar a elaboração e atualização do cadastro técnico das infraestruturas e componentes dos sistemas públicos de saneamento básico e supervisionar a organização do acervo de material técnico.

Divisão Operacional de Abastecimento de Água e Esgotamento Sanitário (subordinada ao Departamento de Execução e Manutenção de Serviços Públicos): são de sua responsabilidade chefiar e coordenar as equipes (próprias ou terceirizadas) de operação, de manutenção e de implantação relacionadas aos serviços públicos de abastecimento de água e de esgotamento sanitário, coordenar, acompanhar, monitorar e fiscalizar a execução de obras e serviços, e a implantação e manutenção de equipamentos, relacionados com a captação de água bruta, com as estações de tratamento de água e de esgoto, com a manutenção e implantação de redes adutoras e de distribuição de água potável, com a manutenção e implantação de redes adutoras e coletoras de esgoto sanitário, com a implantação e conservação de reservatórios de água potável, com a implantação e manutenção de sistemas eletromecânicos de pressurização, com equipamentos de medição e controle de vazões e pressões, com a manutenção e implantação de emissários de esgoto tratado, assim como geradores, quadros de comando, sistemas de telemetria, ventosas e demais estruturas, equipamentos e acessórios relacionados aos sistemas públicos de abastecimento de água e de esgotamento sanitário.

Divisão Operacional de Gestão de Resíduos Sólidos (subordinada ao Departamento de Execução e Manutenção de Serviços Públicos): são de sua responsabilidade chefiar e coordenar as equipes operacionais (próprias ou terceirizadas) relacionadas com a execução dos serviços de coleta, transbordo, transporte, triagem (para fins de reutilização ou reciclagem, inclusive por compostagem), processamento e disposição final de resíduos sólidos domésticos, orgânicos, recicláveis e rejeitos, chefiar e coordenar as equipes operacionais relacionadas com a execução dos serviços de limpeza e varrição de vias, logradouros públicos, praças, parques, feiras e eventos de acesso aberto à comunidade, chefiar e coordenar as equipes operacionais relacionadas com a execução dos serviços públicos de raspagem de vias, capina, poda e roçada, chefiar e coordenar as equipes operacionais relacionadas com a execução dos serviços públicos de asseio de mobiliários urbanos, monumentos, escadarias e sanitários públicos, chefiar e coordenar as equipes operacionais relacionadas com a execução dos serviços públicos de limpeza de córregos, bueiros, bocas-de-lobo, sarjetas, e desobstrução de tubulações de drenagem de águas pluviais, coordenar as equipes operacionais relacionadas ao recebimento de resíduos em Ecopontos, Pontos de Entrega Voluntária (PEVs), e as que realizam o recebimento e coleta de resíduos volumosos (móveis, eletrodomésticos e outros).

Departamento de Inovação e Projetos: são de sua responsabilidade dirigir, gerenciar e coordenar a elaboração de projetos de implantação, melhoria e expansão dos serviços públicos e estruturas sob competência institucional da autarquia, acompanhar as metas e objetivos estabelecidos em Planos Municipais, contratos, convênios, normas, e outros instrumentos, com relação aos serviços públicos e estruturas sob responsabilidade da autarquia, coordenar e assessorar a elaboração de projetos e iniciativas para cadastramento em programas de fomento ou financiamento, dirigir e assessorar a elaboração de estudos de viabilidade técnica, econômica e ambiental para implantação de soluções inovadoras para a melhoria de serviços públicos, dirigir e assessorar na inscrição, no acompanhamento, no monitoramento e na prestação de contas relativas a projetos, convênios e iniciativas em programas de fomento, financiamento, ou outras vias para obtenção de recursos, dirigir e coordenar a elaboração, a organização e a gestão de documentos e registros que subsidiem investimentos em inovação, projetos e tecnologias aplicadas à serviços e estruturas públicas, dirigir e coordenar a elaboração, a organização e a gestão de documentos e registros que subsidiem as prestações de contas aos órgãos e entidades de fomento e financiamento de projetos.